Последний выход Фариноса на поле датирован мартом 2013 года. Плохо заживающая травма едва не заставила игрока уйти из футбола еще в декабре, однако главный тренер Подводников убедил его не принимать поспешных решений. Однако организму Фариноса это не помогло, травма не была залечена и футболист объявил об окончательном уходе из футбола.

«Хочу поблагодарить Вильярреал за поддержку, которую мне оказывали руководство, тренерский штаб, врачи, команда и болельщики на протяжении года моего пребывания в клубе. Болельщики были добры ко мне с первого дня. Вы все – первое, что останется в моей памяти». – гласит заявление Фариноса на официальном сайте Вильярреала.

Франсиско Фаринос имеет в своем активе такие трофеи, как Кубок Интертото (1998), Кубок (1998/99) и Суперкубок Испании (1999), а также две игры в составе основной сборной Испании.
 -